Joseph Ennemoser wurde am 15. November 1787 auf dem Egghof bei Rabenstein in Passeier als Kind armer Eltern geboren. Ennemoser wuchs bei seinem Großvater auf, mit dem er zusammen Vieh hütete. Er besuchte die Höhere Schule in Meran und Trient und studierte ab 1806 in Innsbruck Medizin. Er folgte beim Ausbruch des Tyroler Volksaufstand1809 Andreas Hofer als Geheimschreiber und setzte danach seine Studien in Erlangen und Wien fort. 1812 kam er nach Berlin, wo er Christian Friedrich von Petersdorfund Ludwig Adolf von Lützow kennenlernte. Im Sommer 1812 ging er zusammen mit mehreren Tirolern nach London, um dort Unterstützung im Kampf gegen Napoleon zu erhalten. Ab 1813 war er im Lützowschen Freikorps als Führer einer Tiroler Schützenabteilung aktiv, wo er sich bei Lauenburg und Jülich besonders auszeichnete. Im September 1813 wurde er zum Seconde Lieutnant befördert.

Er beendete nach dem Pariser Frieden seine Studien in Berlin. Ennemoser war ein Anhänger der von Franz Anton Mesmer begründeten neuen Lehre vom tierischem Magnetismus Er wurde 1819 Professor der Medizin in Bonn nahm 1837 seine Entlassung, ließ sich erst in Innsbruck und 1841 in München nieder, wo er als magnetischer Arzt einen großen Ruf erlangte. Er starb 19. September 1854 in Egern am Tegernsee.

Joseph Ennemoser wurde 1821 nachträglich für seine Dienste bei dem Freikorps von Lützow das Eiserne Kreuz verliehen. Er galt als Guter Freund Körners und soll ihn  mehrfach verarztet haben.